产生抗生素：木霉菌可产生数种挥发性或非挥发性抗生物质，此类抗生物质可抑制病原菌孢子发芽与生长。
营养竞争：利用竞争优势消耗病原菌生长所需元素，限制病原菌生长、发芽或代谢。
细胞壁分解酵素：产生细胞壁分解细酵素抑制或直接杀死病原菌减少病原菌发芽能力。
超寄生：木霉菌会产生类似附著器的构造，侵入真菌菌丝，分解与利用病原菌的细胞物质。
诱导植物产生抗生物质：植物经施用木霉菌后，可诱导产生特别的酵素物质，进而对植物病害产生抗性。