蛋白质分离器的优点： 　　1、它不是过滤器，而是一台简单的机器； 　　2、它能在有机物分解成有毒废物前将她分离，减轻了生化系统的负担； 　　3、增加水中的溶氧量。 　　蛋白质分离器的缺点： 　　1、会氧化水中的微量元素，如铁、钼、锰等重要的微量元素； 　　2、会造成盐分的丧失； 　　3、海水被雾化后会无孔不入，且腐蚀性很强； 　　4、在增氧的同时会排出CO2——珊瑚必须的。 　　虽然蛋白质分离器有许多优点，但它最多只能清除水循环中80%的有机新陈代谢产物。为了达到更佳的效果，蛋白质分离器必须同时配合使用臭氧机。 　　水中也含有一些蛋白质分离器所不能分解的物质，包括血浆蛋白之类的蛋白质，以及氨基酸中蛋白素的某些成分。通常蛋白质分离器只能清除30%到50%的物质。若要蛋白质分离器愈活跃，它所需要的动力就愈多。 　　有了动力的输入及表面的扩大，除了蛋白素的结合之外，还可产生其他的作用。首先，一个非常有利的因素，就是大量的氧气会注入水中，这些氧气可以促进细菌分解残渣。但是，这项作用也会除去水族箱中的二氧化碳，也会因为碳酸盐硬度下降，并使得pH值升高。由于不同气体，也就是二氧化碳和氧气的密集交换，使得反应接触点部分的氧气含量极高，因而导致铁、钼和锰之类的主要微量元素在水面之外被氧化掉。此外，对于单细胞虫黄藻的影响也十分重大，其用来保存微量元素的凝胶，会因为这种反应而解体。而蛋白质分离器所排放的净水充满了丰富的氧气，只含有少量的二氧化碳、微量元素和维生素，所以在使用蛋白质分离器，必须适当地添加这些物质。然而，这也可能会产生特殊的困难，尤其当蛋白质分离器必须额外地依靠臭氧来工作时，则上述反应都会更加增强。