井水、地下水處理主要是為了去除鐵錳、氨氮、泥沙、水垢等有害物質，使經過處理后的水質達到國家飲用水標準。目前井水、地下水處理主要是除鐵、錳，因為在我國，地下水中鐵錳含量偏高相當普遍，除鐵錳主要採用曝氣加過濾，過濾用的過濾介質通常用石英沙、錳沙，後面再經過活性炭及精密過濾器進行過濾，經處理后，水質基本上能達到國家飲用水標準。而氨氮則大多採用超濾或反滲透過濾工藝，泥沙及水垢可採用多介質過濾及離子交換軟化裝置進行過濾。
      地下水中一般含水量鹽量、硬度、碱度較高，膠體、懸浮物含量較少，色度、濁度較低，但此類水源中可會存在亞鐵離子、錳離子、硅酸化合物等。所以對於此類水源的預處理可以採用曝氣或氧化，目的在於將亞鐵離子氧化為鐵離子，然後混凝過濾。而對於H含量較多時，可通過加酸脫除CO2，如果硅的含量偏高，可通過添加分散劑、調節PH與溫度等方法防止硅垢。