水箱自洁消毒器采用微电解原理，通过化学反应，使用水中溶解的氯离子、是分子产生以下氧化性物质：次氯酸（HCIO）、二氧化氯（CLO2）、活性氧（O）、分子氯（CL2）等。上述氧化性物质通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池水箱自洁消毒器内壁进行处理，破坏水中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生细胞，达到消毒、灭藻的效果。