實踐証明，微生物菌劑特定的肥料效應不僅為農作物提供營養元素，其有效菌還能分泌赤黴素、細胞分裂素、生長素等活性物質，刺激、調節、促進作物的生長發育，有利於農作物增產。
微生物菌劑主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌劑可以增加土壤中氮磷鉀營養元素的含量；還可以提高一些土壤酶類活性，有利於土壤中養分的轉化方便植物的吸收利用。另外，在微生物菌劑的幫助下會產生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促進難溶的礦質營養釋放：生物微生物菌劑使土壤酶活性提高，使不溶性土壤養分溶解利於植物吸收。同時，還分泌一些有機酸性物質，能分解有機質，產生的糖有利於固氮細菌的生長。
3、幫助農作物吸收養分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮轉化為作物能吸收的氮肥。
4、增強植物的抗逆能力：有些生物微生物菌劑施用后，在土壤中大量生長繁殖，聚集在作物根部形成優勢菌群，在其自身生長過程的同時，改善週圍的環境，提高植物體的抗逆性。
微生物的功能多樣性決議了其在土壤和農業中的不行替代作用。
土壤板結
1、微生物在土壤中物質、能量的輸入輸出中扮演着非常重要的人物，能夠活化土壤有機與無機營養，分化有機物，開釋營養，添加營養的有用性；
2、微生物經過代謝過程中氧氣和二氧化碳的交流以及排泄的有機酸等酸性物質，促進土壤中微量元素的開釋及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的構成，並能改進土壤的通氣情況，促進有機質、腐殖酸和腐殖質的生成；
3、微生物在其繁衍和代謝過程中，能夠降解土壤中殘留的化肥、有機農藥、重金屬和其他污染物等，下降土壤污染的程度。
土傳病害問題
而微生物菌劑隸屬於生物肥料這個大類，對土壤各種問題的處理具有奇效。微生物菌劑的運用大大削減了化肥的用量及削減污染，並且經過微生物之間或與植物之間的相互作用，植物的抗病與抗逆能力大大增強，這關於進步農作物質量及產值有着重要意義。
微生物菌劑在削減農藥運用量、維護土地肥力、改進土壤結構等方面作用傑出，從根本上處理了土地問題！