產生抗生素：木黴菌可產生數種揮發性或非揮發性抗生物質，此類抗生物質可抑制病原菌孢子發芽與生長。
營養競爭：利用競爭優勢消耗病原菌生長所需元素，限制病原菌生長、發芽或代謝。
細胞壁分解酵素：產生細胞壁分解細酵素抑制或直接殺死病原菌減少病原菌發芽能力。
超寄生：木黴菌會產生類似附著器的構造，侵入真菌菌絲，分解與利用病原菌的細胞物質。
誘導植物產生抗生物質：植物經施用木黴菌後，可誘導產生特別的酵素物質，進而對植物病害產生抗性。