儘管在我國的GMP驗証中早已推薦了臭氧滅菌方法，但臭氧在藥品生產中的應用是在近二年才開始熱起來。用得比較成功的有以下幾個方面：
（一）容器的消毒滅菌在藥品生產中，壇壇罐罐病用得很多，分別用管道閥門，儀表連接起來，組成一個生產單元。對它的消毒，傳統方法中比較好的是用酒精浸泡。反應罐，貯存罐小的一噸半噸，大的十噸几十噸，都要灌滿酒精，酒精用量之多可想而知。消毒完畢后，再將酒精放掉，但在轉彎抹角處，儀表閥門的接頭處，還會有酒精的殘留，去除這些殘留酒精，要用氮氣吹，直到吹干為止。酒精用量多，消毒時間長，操作過程複雜。用高壓蒸汽也存在同樣的問題，都很費力。現在用臭氧消毒技術來代替，相對來說要省事得多。具體方法是：將高濃度的臭氧直接打入管道容器，保持臭氧尾氣有一定的濃度，就可以達到消毒滅菌的要求。因為是對管道容器進行內表層的消毒，所以臭氧濃度用的高一點，我們的設計濃度大於50ppm。用臭氧對管道容器做消毒滅菌的優點非常明顯，臭氧發生器可以流動使用，對不同的罐進行消毒，每個生產單元在每次換料前，都可以及時得到消毒，使用效率很高，很方便，不要用那麼多的酒精，不要用氮氣，也不要用高壓蒸汽。所以在製藥廠就能夠得到推廣。
（二）中央空調淨化系統對潔淨區的消毒滅菌在製藥廠，一般來說，潔淨區面積較大，多用中央空調淨化系統完成對各潔淨區的淨化消毒。傳統的消毒方法是用甲醛燻蒸，如上所述，甲醛燻蒸的弊病不少，用臭氧消毒來代替是一個好方法。其方法是將臭氧發生器直接放在空調淨化系統的風道中，稱為內置臭氧發生器。臭氧隨着風道的氣流，送入各潔淨區，對潔淨區進行消毒滅菌，剩餘臭氧吸入回風口，由中央空調帶走。也可以將臭氧發生器放在中央空調風口的外面，將臭氧打入中央空調的風道中，然後被送入各潔淨室，稱為外置式臭氧發生器。外置式臭氧發生器安裝檢修方便，但製造成本要高一點。兩種方法消毒效果都是一樣的。按照衛生部消毒規範的要求，對空氣消毒的臭氧濃度是5ppm，但事實上，潔淨區的消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒，所以，我們設計的濃度為10ppm。每天上班前開機二小時，下班時關機，就可以保証一天內潔淨區的浮遊菌和沉降菌達到GMP的要求。據檢測報告，應用臭氧發生器，各潔淨區在40分鐘內，臭氧濃度均達到10ppm以上，菌檢全部合格。而且每天都合格，完全替代了令人頭痛的甲醛燻蒸大消毒。同時，使非生產作業減少，能耗減少，取得了滿意的效果。
（三）空間的消毒滅菌對於中央空調淨化系統以外的潔淨室，或需要滅菌的其他房間則需單獨進行滅菌處理。方法是選用臭氧發生器，直接安裝在該房間內。根據需要設定消毒時間，消毒結束便自動關機，所以使用非常方便。對於有潔淨度要求的房間，機內裝有過濾器，使臭氧發生器具有自潔功能。臭氧濃度按10-20ppm設計。按房間空間體積的大小選型使用。只要滿足臭氧濃度的要求，就可以達到消毒滅菌的目的。比用化學試劑對房間的燻蒸要省事得多。
（四）物品的表面消毒滅菌在藥品生產過程中，常常要對原材料，工器具，包裝物等進行表面消毒，常常使用消毒櫃，傳遞窗等。傳統的方法是用紫外線消毒。問題主要是在消毒不徹底，所以，若使用在諸如傳遞窗等要求不高的場合是可以的。但遠不如臭氧的效果好。能用臭氧發生器做成的消毒櫃在製藥廠是深受歡迎的。只要不怕臭氧腐蝕的東西都可以放在櫃內進行消毒。臭氧濃度可以設計的高一點。可以取得100ppm以上。
（五）水的消毒滅菌在製藥廠用水的地方較多，有醫藥用水，消毒用水，清洗用水及飲用水等區別。根據不同的水質要求，採用不同的工藝流程，消毒工藝則用一般的臭氧水處理方法即可達到滿意的效果。這裡就不再詳細介紹了。