一、臭豆腐菌种概述：从臭豆腐的发酵浸泡液中分离菌种,获得了2个主要菌株,初步确定为奈瑟氏菌属(球菌)和环状芽孢杆菌属(杆菌)。我国目前臭豆腐的制作主要采用“敞口发酵”的采用划线培养的方法，将传统工艺制作臭豆腐时的方式，即利用自然界存在的菌种进行发酵，然而这种浸泡乳液(原液)接种在营养琼脂培养基上，30℃条件下进行培养，这种方式使得质量不易控制，况且这种制作臭豆腐乳的方培养48小时。根据菌落的生长特征，挑选形态、颜色发酵周期长，易受到杂菌的污染，微生物的大量繁殖，绝大多数的菌落两株进一步在营养琼脂培养基上进行划殖是臭豆腐在常温下两天便会败坏的主要原因。因线培养，培养时间和温度同第一次。第二次培养后，筛选合适的菌种，在无菌的条件采用细菌直接运用相同的方法挑选菌落两株进行第三次划线培养。进行发酵，既可做到卫生安全，又可缩短发酵周期，满经过三次培养后，菌种做到了分离纯化。满足工业化生产的要求。得到的纯菌种进行革兰氏染色，观察该菌种的组织状态。
二、臭豆腐菌种【质量标准】
1.主要成分：细菌、真菌活孢子、蛋白质及其他营养性载体。
2.产品特点：（1）多种微生物复合而成，性能稳定，功能强。（2）菌株活力强。（3）繁殖快，适应性强。
【使用方法】
（1）按0.5%—1%的比例将菌种撒入凉开水中，搅拌均匀，加入0.5%的酿造白酒，5%的食盐，10%的豆豉，0.7%的香菇，0.3%的食用碱，搅拌后静置发酵7天左右（每天搅动一次），制成臭豆腐发酵卤水。 
（2）将豆腐薄块直接放入加有菌种的发酵卤水中。要求液面超过豆腐2厘米以上。 
（3）用透气摆布或者篦子覆盖。放置于20℃以上的环境中，静置发酵12小时左右。（温度高，时间短；温度低，时间长。） 
（4）取出发酵好的臭豆腐，沥干水分，油炸后调配佐料食用。
多次浸泡的豆腐取出后，应适当补充菌种和食用盐，以保持发酵活性和咸淡适中，加有卤水的菌种越老越好。