EtO灭菌是一种低温过程（通常在37至63°C之间），该过程使用环氧乙烷灭菌器气体降低感染因子的水平。 EtO以气体形式使用，通常与其他物质（例如CO2或蒸汽）混合。它主要用于不能承受典型的高压灭菌器高温的产品，例如塑料。要监视的主要物理参数是温度和相对湿度。

该过程的总长度可能会根据要灭菌的货物而有所不同，但是典型的周期为36到48小时。划分周期有两种主要方法：三相循环和五相循环。区别在于，三相循环确实会影响曝光前和曝光后的阶段。

典型的三相EtO灭菌周期可总结如下：

预处理：提供温度和湿度条件，以诱使传染剂脱离休眠状态

 灭菌/调理：在规定的温度，RH％和压力水平下暴露于灭菌剂中

通风：使用灭菌室中的空气变化来去除Et0气体，以去除任何EtO颗粒。该过程通常在单独的房间或房间中进行。监视时间和温度。