一、臭豆腐菌種概述：從臭豆腐的發酵浸泡液中分離菌種,獲得了2個主要菌株,初步確定為奈瑟氏菌屬(球菌)和環狀芽孢桿菌屬(桿菌)。我國目前臭豆腐的製作主要採用“敞口發酵”的採用劃線培養的方法，將傳統工藝製作臭豆腐時的方式，即利用自然界存在的菌種進行發酵，然而這種浸泡乳液(原液)接種在營養瓊脂培養基上，30℃條件下進行培養，這種方式使得質量不易控制，況且這種製作臭豆腐乳的方培養48小時。根據菌落的生長特征，挑選形態、顏色發酵週期長，易受到雜菌的污染，微生物的大量繁殖，絕大多數的菌落兩株進一步在營養瓊脂培養基上進行划殖是臭豆腐在常溫下兩天便會敗坏的主要原因。因線培養，培養時間和溫度同第一次。第二次培養后，篩選合適的菌種，在無菌的條件採用細菌直接運用相同的方法挑選菌落兩株進行第三次劃線培養。進行發酵，既可做到衛生安全，又可縮短髮酵週期，滿經過三次培養后，菌種做到了分離純化。滿足工業化生產的要求。得到的純菌種進行革蘭氏染色，觀察該菌種的組織狀態。
二、臭豆腐菌種【質量標準】
1.主要成分：細菌、真菌活孢子、蛋白質及其他營養性載體。
2.產品特點：（1）多種微生物復合而成，性能穩定，功能強。（2）菌株活力強。（3）繁殖快，適應性強。
【使用方法】
（1）按0.5%—1%的比例將菌種撒入涼開水中，攪拌均勻，加入0.5%的釀造白酒，5%的食鹽，10%的豆豉，0.7%的香菇，0.3%的食用碱，攪拌后靜置發酵7天左右（每天攪動一次），製成臭豆腐發酵鹵水。 
（2）將豆腐薄塊直接放入加有菌種的發酵鹵水中。要求液面超過豆腐2釐米以上。 
（3）用透氣擺佈或者篦子覆蓋。放置於20℃以上的環境中，靜置發酵12小時左右。（溫度高，時間短；溫度低，時間長。） 
（4）取出發酵好的臭豆腐，瀝干水分，油炸后調配佐料食用。
多次浸泡的豆腐取出后，應適當補充菌種和食用鹽，以保持發酵活性和鹹淡適中，加有鹵水的菌種越老越好。