EtO滅菌是一種低溫過程（通常在37至63°C之間），該過程使用環氧乙烷滅菌器氣體降低感染因子的水平。 EtO以氣體形式使用，通常與其他物質（例如CO2或蒸汽）混合。它主要用於不能承受典型的高壓滅菌器高溫的產品，例如塑料。要監視的主要物理參數是溫度和相對濕度。

該過程的總長度可能會根據要滅菌的貨物而有所不同，但是典型的週期為36到48小時。劃分週期有兩種主要方法：三相循環和五相循環。區別在於，三相循環確實會影響曝光前和曝光后的階段。

典型的三相EtO滅菌週期可總結如下：

預處理：提供溫度和濕度條件，以誘使傳染劑脫離休眠狀態

 滅菌/調理：在規定的溫度，RH％和壓力水平下暴露于滅菌劑中

通風：使用滅菌室中的空氣變化來去除Et0氣體，以去除任何EtO顆粒。該過程通常在單獨的房間或房間中進行。監視時間和溫度。