木瓜蛋白酶papain屬巰基蛋白酶，具有較寬的底物特異性，作用於蛋白質中L-精氨酸、L-賴氨酸、甘氨酸和L-瓜氨酸殘基羧基參與形成的肽鍵。此酶屬內肽酶，能切開全蛋蛋白質分子內部肽鏈—CO—NH—生成分子量較小的多肽類。 存在於木瓜胚乳中的蛋白酶。EC3．4．22．2。作為植物來源的蛋白酶來說，此酶研究進展的最快。此酶主要是以內肽酶的形態起作用。活性的產生，而半胱氨酸殘基是不可缺少的，所以是硫基蛋白酶的一種，底物的特異性不太嚴格，分子量為23400，氨基酸殘基數212。
 
　　木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、碱性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性。
 
　　酪蛋白被木瓜蛋白酶降解生成的酪氨酸在紫外光區 275nm 處有吸收峰。
 
　　木瓜蛋白酶（Papain）簡稱木瓜酶，又稱為木瓜酵素。是利用未成熟的番木瓜（Carica papaya）果實中的乳汁，採用現代生物工程技術提煉而成的純天然生物酶制品。它是一種含疏基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣氾的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質。溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。最適合PH值5.7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點18.75；最適合溫度55～60℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。